考古:绘制水稻遗传图

最后一次的遗传实验是根据预先做好的水稻SSR指纹电泳数据绘制水稻遗传图。实验原理部分如果你已经看到了这篇文章,想必已经比较了解,当然如果不了解也没关系,这篇文章依旧会带你很快的做完这个任务。

当前网盘里关于本实验的指南存在一些问题,孙某提供的代码不是很好用,并且我不是很理解他的思路。杨某没有group也没有排序,画出了重组率奇高的单条染色体。不过他们对我完成作业还是有一些帮助的,也是要谢谢他们。

在这个实验中有两种软件是可用的,一个叫做mapmaker/exp 3.0,另一个叫做mapmaker/exp 3.0b,前者是一个16位的控制台应用,后者为32位。我使用的是教育版win10 六十四位的版本,不提供16位的支持,而我懒得装虚拟机,恰逢班群某大佬提供了后者,所以……

MMintelNT <——————–我就是mapmaker/exp3.0b—————————->

这个软件支持raw格式的原始数据,它本质上是个txt,前两行是参数,后面是数据,为了提供软件能够识别的数据我们需要将excel中的数据复制出来做一些格式上的修改。

第一行data type 有这样几种选择:F2 intercross( 杂交群体)、F2 backcross(F2 回交群体,例如BCI ) 、F3 self(F3 杂交群体-通过自交) 、RI self(重组近交系-通过自交或近交)。对于这个实验显然我们需要F2 intercross。第二行包含用空格分开的3个整数,类似于183 30 0。这3个数据的第1个值代表多少个泳道,也就是做了多少个数据;第2个值表示提供的资料中遗传标记的个数(值得注意的是遗传标记在下面的数据中要在前面加*号),第3个值表示资料中数量性状的个数,在本实验中并没有。第3行及以下就是前面已经存入的标记和遗传代码。

这里我们以数据DataE做个例子。就像图里这样。

之后就可以打开程序,按照右边的参考代码运行。E_output点我看代码

最后用ps把这几张图拼接起来,得到结果。

毕竟是92年的考古软件,我想能搞成这样也算是可以了。

祝愿下一届的不要再成为mapmaker/exp 3.0(b)受害者。

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